Les écologistes utilisent le terme d'agrocarburants, remettant en cause le caractère bio des prétendus biocarburants. Par exemple, le carburant E10 n'est ni économique, ni écologique. Il s'agit d'un agro-carburant et non d'un biocarburant. Très critiqué, il est même interdit en Allemagne.
Agro-carburants, biocarburants, carburants verts paraissent peu apporter à l'écologie tout en causant des effets néfastes sur l'équilibre de la planète. La production de biocarburants dans les pays du Sud est la cible des principales critiques. Les cultures destinées aux biocarburants causent indirectement des émissions de gaz à effet de serre dans le sens où les agriculteurs tentent à déboiser et à utiliser davantage d'engrais.